1661年4月，鄭成功率軍從鹿耳門進入臺江，花了九個月將熱蘭遮城攻下。鄭氏改稱普羅民遮城為赤崁，命名為「東都明京」，設立一府二縣：承天府、天興縣（承天府以北）、萬年縣（承天府以南）。並在佔領大員後，將熱蘭遮市鎮改稱安平鎮。
鄭氏在荷治基礎的建設上發展，帶來漢人的典章制度，首次劃分行政區。由十字街往四方拓展，劃分為四大坊：東安坊、西定坊、鎮北坊、寧南坊，以原街（現為民權路、忠義路、永福路一帶）向四方擴大市鎮規模，奠定往後市區發展的基礎，並廣建官署宅邸與廟宇，以及培育儒學人才的孔廟。
另為了解決軍隊長期的糧食問題，實施「屯田政策」，開墾新營、柳營、林鳳營、下營、左鎮等地。今有「營」或「鎮」之地名，多數是鄭氏的屯兵地點，奠定大臺南聚落雛型。同時，因清廷封鎖沿海，建材取得不易，便就地取材發展出製窯技術，帶來閩南式建築、建材與工法。